Tổng Công ty 36 – Bộ Quốc Phòng tiền thân là Xí nghiệp xây dựng công trình 36 được thành lập tháng 4/1996. Ngày 09/03/2006, xí nghiệp được nâng cấp thành Công ty TNHH MTV Đầu tư - Xây lắp - Thương mại 36. Ngày 23/08/2011, Bộ Quốc phòng có quyết định thành lập Tổng Công ty 36 hoạt động theo hình thức công ty mẹ - công ty con trên cơ sở tổ chức lại Công ty TNHH MTV Đầu tư - Xây lắp - Thương mại 36.