Toàn thành phố có 24 trường THCS. Ngoài trường Đặng Thai Mai là trường trọng điểm chất lượng cao (trước đây là trường Năng khiếu của thành phố), các trường khác được tổ chức theo đơn vị hành chính phường xã. 2 trường có chương trình dạy tăng cường tiếng Pháp và bằng tiếng Pháp của AUPELF do cộng đồng Pháp ngữ tài trợ. Có 01 trường được cong nhận đạt chuẩn Quốc gia ( trường THCS Hà Huy Tập). Kế hoạch năm 2006 phấn đấu có thêm 03 trường ( Lê Lợi, Đặng Thai Mai, Hưng Lộc) đạt chuẩn