Trường Đại học An Giang được thành lập theo Quyết định số 241/1999/QĐ-TTg, ngày 30 tháng 12 năm 1999 của Thủ tướng Chính phủ và khai giảng năm học đầu tiên ngày 09 tháng 9 năm 2000. Xây dựng trên cơ sở Trường Cao đẳng Sư phạm An Giang, Trường Đại học An Giang là cơ sở đào tạo công lập trong hệ thống các trường đại học Việt Nam, chịu sự quản lý chuyên môn của Bộ Giáo dục và Đào tạo, và quản lý trực tiếp của Ủy ban nhân dân tỉnh An Giang . Trường có nhiệm vụ đào tạo trình độ đại học và thấp hơn phục vụ nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh An Giang và khu vực Đồng bằng sông Cửu Long, đồng thời Trường còn có nhiệm vụ nghiên cứu, ứng dụng và chuyển giao công nghệ trong vùng. Đây cũng là sứ mệnh của nhà trường.

Năm học 2000 - 2001 nhà trường tuyển sinh khóa đầu tiên. Trong năm đầu tiên này chỉ có 5 ngành hệ đại học. Nhưng đến nay, Trường có 28 ngành đại học, ngoài ra mỗi năm Trường còn đào tạo khoảng 7 ngành hệ cao đẳng Sư phạm và 7 ngành hệ trung cấp (tổng số có hơn 40 ngành đào tạo hệ chính quy). Thí sinh dự thi tuyển sinh hàng năm tăng dần, có năm trên 21.000 (năm 2008). Đây là tín hiệu đáng mừng của một trường mới được thành lập, cho thấy sự ra đời của Trường Đại học An Giang là một nhu cầu thật sự ở Đồng bằng sông Cửu Long. Từ năm học 2005 - 2006, nhà trường chính thức tuyển sinh đào tạo hệ không chính quy với hình thức vừa làm vừa học, đến nay trường đã có sinh viên hệ này tốt nghiệp. Trường Đại học An Giang ra đời trong giai đoạn thế giới sắp chuyển sang thế kỷ 21. Giáo dục thế kỷ 21 có những chuyển biến to lớn, đó là lấy “Học thường xuyên, học suốt đời” làm nền tảng, dựa trên tiêu chí chung là “Học để biết, học để làm, học để cùng chung sống với nhau và học để làm người”. Là một trường có tuổi đời còn khá trẻ, đó cũng là thuận lợi để sớm bắt nhịp với yêu cầu của thời đại và lựa chọn ngành nghề mũi nhọn để đào tạo như Công nghệ sinh học, Kinh doanh nông nghiệp, Phát triển nông thôn, Kinh tế đối ngoại, Quản trị kinh doanh, Công nghệ thực phẩm, Công nghệ thông tin, tiếng Anh...Từ tháng 8 năm 2004, Trường đã có sinh viên hệ đại học tốt nghiệp, đến nay được 6 khóa tốt nghiệp với trên 5.500 sinh viên. Giờ đây, sinh viên do Trường đào tạo đã có mặt khắp vùng Đồng bằng sông Cửu Long, ở Thành phố Hồ Chí Minh và một số tỉnh thành khác,  mỗi người một vị trí công tác khác nhau, nhiều người đã hoàn thành chương trình sau đại học và đang tiếp tục phát huy.

Năm học 2009 - 2010 đánh dấu một bước phát triển mới của Trường Đại học An Giang sau 10 năm thành lập. Đây là năm học đầu tiên chuyển đổi toàn bộ hệ đào tạo chính quy từ niên chế sang học chế tín chỉ, bắt đầu triển khai đào tạo chương trình sau đại học (liên kết đào tạo), Trường Phổ thông Thực hành Sư phạm khai giảng năm học đầu tiên, khu trường mới (40 ha) đã đưa vào sử dụng, hoàn thành cơ bản các thủ tục để cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đối với 416 lô nền nhà tại khu làng giáo viên. Đủ điều kiện về pháp lý và cơ sở hạ tầng để tiến hành xây dựng nhà ở vào cuối năm 2009.

Đáp ứng nhu cầu công tác đào tạo, đội ngũ cán bộ, giáo viên công nhân viên của Trường đã không ngừng tăng lên cả về số lượng lẫn chất lượng. Trong những ngày đầu thành lập chỉ có 190 cán bộ, công chức, gần 40 người có trình độ Thạc sỹ, Tiến sỹ, sau 10 năm đã có 769 cán bộ, công chức, trong đó trình độ Thạc sỹ, Tiến sỹ là 226 người, 145 người đang theo học các lớp sau đại học trong và ngoài nước (bình quân mỗi năm có từ 35 - 40 cán bộ, giáo viên hoàn thành chương trình sau đại học), 54 giảng viên chính.  Như vậy, đến cuối năm 2010, tỷ lệ giảng viên có trình độ sau đại học đạt trên 50% so với giảng viên trực tiếp giảng dạy.

Nhà trường có đầy đủ các tổ chức chính trị, chính trị xã hội. Đảng bộ với 21 chi bộ trực thuộc (371 đảng viên); 13 Công đoàn bộ phận trực thuộc Công đoàn cơ sở; tổ chức Đoàn Thanh niên, Hội Sinh viên, Hội Cựu Chiến binh, Hội Cựu Giáo chức. Hoạt động của các tổ chức đoàn thể đóng góp một phần đáng kể cho sự phát triển nhà trường trong thời gian qua. Phong trào Đoàn trong sinh viên tác động tích cực đến tư tưởng tình cảm và rèn luyện của sinh viên, được dư luận xã hội đánh giá cao và lôi cuốn sự ủng hộ về vật chất, tinh thần của các tầng lớp trong xã hội. Những năm gần đây, mỗi năm Trường  nhận gần 1 tỷ đồng học bổng tài trợ cho sinh viên nghèo, vượt khó học tốt. Nhà trường duy trì tốt phong trào văn hóa, văn nghệ, thể dục thể thao, nhiều năm liền đạt thứ hạng cao qua hội thi, hội thao cấp khu vực và quốc gia. Thực hiện có hiệu quả phong trào xã hội hóa giáo dục. Đã có 5 huyện xây dựng ký túc xá trong khuôn viên trường, một Công ty tư nhân đầu tư xây dựng khu ký túc xá 2.800 chỗ trong khuôn viên  trường mới, đầu tháng 10/2009 đưa vào khai thác block 1 (700 chỗ) tháng 1/2010 khai thác block 2.  Lãnh đạo nhà trường luôn tạo mọi điều kiện thuận lợi để cán bộ, công chức và học sinh-sinh viên phát huy dân chủ, lấy “Lợi ích tập thể” làm mục tiêu để phấn đấu; đảm bảo đối xử bình đẳng, công bằng; nhận xét, đánh giá chính xác, khách quan và đúng khả năng từng đối tượng trong trường.

Xác định được tầm quan trọng của quan hệ quốc tế, hợp tác với các đơn vị trong và ngoài nước để thực hiện công tác đào tạo, nâng cao năng lực chuyên môn cho cán bộ, giáo viên, đầu tư phát triển cơ sở vật chất. Trong những năm qua, nhà trường có nhiều cố gắng mở rộng quan hệ quốc tế, đến nay đã thiết lập ban giao và ký kết nhiều bản ghi nhớ với các trường đại học, các tổ chức nước ngoài khu vực Đông Nam Á, châu Á, châu Mỹ, châu Âu, châu Phi... Tính đến nay, nhà trường tiếp 589 đoàn khách quốc tế với 1.910 người. Từ quan hệ hợp tác quốc tế nhà trường đã thực hiện được nhiều dự án, chương trình nghiên cứu phát triển, tạo điều kiện cho nhiều cán bộ, giáo viên tham quan, hội thảo, học tập nâng cao chuyên môn tại nước ngoài. Sự hỗ trợ nhiệt tình và có hiệu quả của các Viện, Trường trong khu vực thời gian qua đã giúp nhà trường vượt qua những khó khăn ban đầu về lực lượng giảng viên, cơ sở thực hành thí nghiệm, kinh nghiệm quản lý...Nhà trường ghi nhận tình cảm quí báu của cá nhân, đơn vị trong và ngoài nước thời gian qua đã dành cho trường.

Nghiên cứu khoa học là một trong hai nhiệm vụ quan trọng được nhà trường quan tâm nhằm nâng cao chất lượng giáo dục và đào tạo. Ngay từ khi thành lập, nhà trường đã áp dụng hàng loạt chế độ chính sách ưu đãi cho cán bộ, giáo viên và sinh viên để khuyến khích nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ. Đến nay, nhà trường thực hiện được 271 đề tài nghiên cứu khoa học (240 đề tài cấp trường), tham gia thực hiện quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội theo đề nghị của một số huyện trong và ngoài tỉnh. Từ năm 2004 đến nay mỗi năm có trên 300 đề tài nghiên cứu khoa học của sinh viên hệ đại học ở loại hình khóa luận tốt nghiệp.

Hiện tại, Trường có 3 cơ sở  với tổng diện tích 56,4 ha  (tại Long Xuyên cơ sở cũ 8,9 ha, cơ sở mới 40 ha và cơ sở 2 Châu Phú 7,5 ha). Đến năm 2012, cơ sở hạ tầng tại các cơ sở sẽ hoàn chỉnh, Thư viện mới được hình thành theo tiêu chí thư viện điện tử với 1.200 máy tính nối mạng, thực hiện xã hội hóa khu liên hợp thể dục, thể thao tại khu trường mới, xây mới 1 ký túc xá tại cơ sở Châu Phú, bổ sung máy móc thiết bị khu thí nghiệm, tiếp tục bổ sung trang thiết bị dạy học tiên tiến, đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin... Đội ngũ cán bộ, công chức nhất là cán bộ giảng dạy được chuẩn hóa trình độ chuyên môn nghiệp vụ theo quy định Điều lệ trường đại học; thực hiện đổi mới nội dung chương trình đào tạo, cải tiến phương pháp dạy - học, đa dạng hóa loại hình đào tạo, thực hiện kiểm định chất lượng, quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO, hòa nhập với xu thế phát triển chung của các trường đại học trên phạm vi quốc gia; không ngừng tăng cường  và mở rộng quan hệ hợp tác trong nước, ngoài nước, đẩy mạnh nghiên cứu khoa học chuyển giao công nghệ... Trường Đại học An Giang sẽ là địa chỉ tin cậy trong công tác giáo dục, đào tạo nguồn nhân lực đáp ứng nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội cho tỉnh và khu vực