Từ nǎm 1989 thực hiện sự chuyển đổi cơ chế quản lý kinh tế theo quyết định của Nhà nước và Bộ Quốc phòng, Binh đoàn 12 chuyển thành doanh nghiệp kinh tế - quốc phòng trực thuộc Bộ Quốc phòng có tên Tổng Công ty xây dựng Trường Sơn.

Với định hướng lãnh đạo đúng đắn và sự nỗ lực phấn đấu của cán bộ, chiến sĩ, công nhân viên quốc phòng, Tổng công ty đã vươn lên để tự khẳng định mình. Qua 10 nǎm làm kinh tế - quốc phòng, tự hạch toán, giá trị sản lượng đã không ngừng tǎng trưởng, bình quân tǎng từ 30-35%/nǎm (nǎm 1989: 33 tỷ, nǎm 1998 dự kiến trên 500 tỷ đồng, tǎng 16 lần), nộp ngân sách nǎm 1998 tǎng gần 5 lần so với nǎm 1989; thu nhập bình quân người lao động 1,3 - 1,5 lương quốc phòng.

Hiện nay Tổng công ty đã ngày càng khẳng định được vị trí, uy tín của mình, để lại dấu ấn của nhiều công trình quan trọng, yêu cầu kỹ thuật cao của Nhà nước như: Thuỷ điện Hoà Bình, đường dây 500 kV Bắc - Nam, đường ô tô cấp cao Bắc Thǎng Long - Nội Bài, Láng - Hoà Lạc, quốc lộ 1, quốc lộ 5, nghĩa trang liệt sĩ A1 (Điện Biên Phủ), nghĩa trang Hàng Dương (Côn Đảo)...

Ngoài ra Tổng công ty xuất khẩu nông sản từ nông trường cà phê (gần 400ha) ở Đắc Lắc. Trường Trung học cầu đường và dạy nghề của Tổng công ty từ nǎm 1977 đến nǎm 1998 đã đào tạo được 13 khoá trung cấp cầu đường (1.018 người), 8 khoá công nhân xây dựng (370 người), bồi dưỡng và bổ túc cán bộ các loại (725 người), đào tạo đại học tại chức (53 người)

Vinh dự, tự hào được kế tục truyền thống vẻ vang của bộ đội đường Hồ Chí Minh anh hùng, hơn 20 nǎm qua trên lĩnh vực xây dựng kinh tế - quốc phòng, nhất là 10 nǎm tự hạch toán trong thời kỳ đổi mới, Tổng công ty Xây dựng Trường Sơn đã vượt qua khó khǎn thử thách, tự khẳng định để tồn tại, đừng vững và phát triển trong cơ chế thị trường, góp phần khẳng định uy tín của quân đội làm kinh tế, góp phần cùng các doanh nghiệp Nhà nước giữ vững vai trò chủ đạo trong nền kinh tế quốc dân và thiết thực giữ gìn, tǎng cường tiềm lực quốc phòng, sẵn sàng đáp ứng yêu cầu khi chiến tranh xảy ra, nhanh chóng chuyển thành những đơn vị công binh công trình phục vụ chiến đấu thắng lợi.