Công ty cổ phần VINAFCO tiền thân là doanh nghiệp Nhà nước, do Bộ Giao thông vận tải thành lập năm 1987. Năm 2001, Công ty chính thức chuyển đổi thành Công ty Cổ phần Dịch vụ vận tải Trung ương. Năm 2002 Công ty đổi tên thành Công ty cổ phần VINAFCO, tên tiếng Anh VINAFCO JOINT STOCK CORPORATION, tên viết tắt VINAFCO.
 
    Cổ phiếu của công ty cổ phần VINAFCO được niêm yết tại Sở Giao dịch Chứng khoán TP Hồ Chí Minh với mã chứng khoán VFC và chính thức giao dịch từ ngày 24 tháng 07 năm 2006.

     Từ ngày thành lập đến nay, Công ty cổ phần VINAFCO liên tục mở rộng và phát triển. Công ty đang hoạt động trên các lĩnh vực: Vận tải hàng hóa bằng đường biển; Dịch vụ vận tải đa phương thức trong nước và quốc tế; Kinh doanh kho bãi, Trung tâm phân phối hàng hóa;  Kinh doanh hàng hóa xuất nhập khẩu, khoáng sản. Ngoài ra, Công ty còn tham gia góp vốn liên doanh liên kết với các đối tác trong nước và ngoài nước, đầu tư trang thiết bị mới để mở rộng và phát triển sản xuất kinh doanh. Năm 1996, cùng với hai đối tác Nhật bản SUMITOMO, SUZUYO và Công ty Điện tử HANEL, VINAFCO đã thành lập Công ty TNHH Tiếp vận Thăng long (DRACO) để tổ chức vận tải, đáp ứng nhu cầu của các nhà đầu tư nước ngoài. Năm 2005,  VINAFCO  góp vốn cổ phần vào Công ty cổ phần Khoáng sản Tân Uyên, Công ty cổ phần khoáng sản VINAFCO, đẩy mạnh hoạt động kinh doanh khai thác khoáng sản

    Công ty đã đạt chứng chỉ  quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001:2000. Cam kết của Công ty về chất lượng được thể hiện trong việc không ngừng nâng cao chất lượng dịch vụ của toàn thể CBCNV đáp ứng nhu cầu của khách hàng.

    Với sự cố gắng và những thành tích đạt được, Vinafco đã nhận được nhiều phần thưởng của Chính phủ. Đặc biệt, năm 2008, Vinafco đã vinh dự được Nhà nước trao tặng Huân chương lao động hạng nhất.