Cùng với sự kiện tái lập tỉnh Bắc Kạn(01/01/1997), Sở Công nghiệp- Khoa học được thành lập theo Quyết định số: 08/QĐ-UB ngày 09 tháng 1 năm 1997 của Uỷ ban nhân dân Lâm thời tỉnh Bắc Kạn về việc thành lập Sở Công nghiệp- Khoa học.
Thực hiện Nghị định 13/NĐ-CP ngày 04 tháng 02 năm 2008 của Chính phủ về việc Quy định tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. Ngày 28 tháng 3 năm 2008, UBND tỉnh Bắc kạn ban hành Quyết định số 571/QĐ-UBND Về việc đổi tên Sở Công nghiệp- Khoa học và Công nghệ thành Sở Khoa học và Công nghệ
Thực hiện Thông tư liên tịch số 05/2008/TTLT-BKHCN-BNV ngày 18 tháng 6 năm 2008 của liên bộ Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Nội vụ hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cơ quan chuyên môn về khoa học và công nghệ thuộc Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh, cấp huyện.
I. Chức năng, nhiệm vụ:
Sở Khoa học và Công nghệ Bắc Kạn là cơ quan chuyên môn thuộc Uỷ ban nhân dân tỉnh, tham mưu giúp Uỷ ban nhân dân tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước về lĩnh vực Khoa học và Công nghệ.
Sở Khoa học và Công nghệ Bắc Kạn chịu sự quản lý toàn diện và trực tiếp của UBND tỉnh, đồng thời chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn và kiểm tra về chuyên môn, nghiệp vụ của Bộ Khoa học và Công nghệ.
+ Chức năng: Quản lý nhà nước về hoạt động khoa học và công nghệ, phát triển tiềm lực khoa học và công nghệ; quản lý tiêu chuẩn đo lường chất lượng sản phẩm; sở hữu trí tuệ (không bao gồm quyền tác giả về văn học và nghệ thuật); an toàn bức xạ và hạt nhân trên địa bàn tỉnh Bắc Kạn.
+ Nhiệm vụ chính:
- Xây dựng và triển khai các kế hoạch dài hạn và ngắn hạn về nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ phục vụ chiến lược phát triển kinh tế – xã hội của tỉnh. Tổ chức quản lý các chương trình, đề tài nghiên cứu khoa học, các dự án phát triển công nghệ do nhà nước cấp kinh phí.
- Tổ chức tuyển chọn và trình UBND tỉnh phê duyệt các nhiệm vụ cụ thể và các cá nhân phụ trách nhằm thực hiện các nhiệm vụ khoa học và công nghệ của tỉnh. Theo dõi, kiểm tra thực hiện, tổ chức đánh giá, nghiệm thu và công bố kết quả nghiên cứu khoa học.
- Quản lý công tác tiêu chuẩn đo lường chất lượng sản phẩm và hàng hóa; quản lý các hoạt động sáng kiến, sở hữu trí tuệ, chuyển giao công nghệ, thẩm định và giám định về công nghệ các dự án đầu tư; đánh giá trình độ công nghệ.
- Tổ chức họat động tư vấn – dịch vụ thông tin tư liệu khoa học và công nghệ.
- Tổ chức thẩm định an toàn bức xạ và cấp giấy phép sử dụng thiết bị X quang y tế; cấp giấy chứng nhận đăng ký hoạt động khoa học và công nghệ.
- Là cơ quan thường trực của Hội đồng Khoa học và Công nghệ tỉnh.
- Liên kết hợp tác với các tổ chức KH&CN trong và ngoài nước để triển khai các hoạt động khoa học và công nghệ.