Tổng Công ty Phân bón và Hóa chất Dầu khí - Công ty cổ phần được thành lập theo quyết định số 02/2003/QĐ-VPCP ngày 28/03/2003 của Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ, Tổng Công ty chính thức đi vào hoạt động từ ngày 19/01/2004. Tổng Công ty có nhiệm vụ tiếp nhận, quản lý, vận hành sản xuất Nhà máy đạm Phú Mỹ; Sản xuất, kinh doanh phân đạm, a-mô-ni-ắc lỏng, khí công nghiệp và các sản phẩm hóa chất khác có liên quan.

    Ngay khi có quyết định thành lập, Tổng Công ty đã nhanh chóng tiến hành công tác kiện toàn tổ chức, chuẩn bị các điều kiện về nhân lực và thị trường để có thể tiếp nhận, quản lý, vận hành và tiêu thụ thành công và có hiệu quả các sản phẩm của Nhà máy Đạm Phú Mỹ. Ngày 21/09/2004, Tổng Công ty đã tiếp nhận bàn giao Nhà máy đạm Phú Mỹ từ tổ hợp Nhà thầu Technip - Samsung và Ban QLDA Nhà máy Đạm Phú Mỹ. Đây cũng là thời điểm những lô sản phẩm chính thức đầu tiên của Công ty được đưa ra thị trường với thương hiệu “Đạm Phú Mỹ”. Trong 3 năm qua, Tổng Công ty đã thực hiện chức năng quản lý sản xuất và kinh doanh rất tốt, đạt các mục tiêu với mức độ cao và đóng góp quan trọng cho ngành Dầu khí cũng như nền nông nghiệp trong nước.

 Đứng trước xu thế phát triển kinh tế của đất nước ngày 01/09/2006 Bộ Công nghiệp đã có quyết định về việc cổ phần hóa Công ty Phân đạm và Hóa chất Dầu khí, và đến 01/09/2007 công ty chính thức chuyển thành Công ty Cổ phần Phân đạm và Hóa chất Dầu khí. Ngày 05/11/2007 Công ty chính thức niêm yết 380.000.000 cổ phiếu trên thị trường chứng khoán. Tại đại hội đồng cổ đông năm 2008 ngày 5/4/2008, Công ty Cổ phần Phân đạm và Hóa chất Dầu khí (Đạm Phú Mỹ- PVFCCo) đã thống nhất chuyển công ty này thành Tổng công ty hoạt động theo mô hình công ty mẹ - công ty con. Ngày 15/05/2008, Công ty Phân đạm và Hóa chất Dầu khí chính thức chuyển đổi thành Tổng Công ty Phân bón và Hóa chất Dầu khí – Công ty Cổ phần (Tên viết bằng Tiếng Anh là PetroVietnam Fertilizer and Chemicals Corporation và tên viết tắt là PVFCCo) theo Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh của Sở Kế hoạch và Đầu tư Thành phố Hồ Chí Minh cấp ngày 15/05/2008. Đây là cơ hội rất tốt để Công ty phát triển ổn định, vững chắc và tăng tốc trong thời gian tới