1. Chủ trì, phối hợp với các cơ quan chức năng của tỉnh lập quy hoạch chung Khu kinh tế Đông Nam để Uỷ ban nhân dân tỉnh trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt; lập quy hoạch chi tiết các phân khu chức năng, quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất trong Khu kinh tế Đông Nam và các Khu công nghiệp trên địa bàn tỉnh Nghệ An trình UBND tỉnh phê duyệt; tổ chức phổ biến, hướng dẫn, quản lý, kiểm tra và thanh tra việc thực hiện Quy chế hoạt động, quy hoạch, kế hoạch đã được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền phê duyệt.

2. Tham mưu cho Uỷ ban nhân dân tỉnh trong việc hình thành, chuẩn bị đầu tư, xây dựng, phát triển và quản lý Khu kinh tế Đông Nam  và các Khu công nghiệp trên địa bàn tỉnh Nghệ An; phối hợp với các cơ quan liên quan tham mưu cơ chế chính sách khuyến khích ưu đãi đầu tư đối với các doanh nghiệp hoạt động sản xuất kinh doanh trong Khu kinh tế Đông Nam và các Khu công nghiệp của tỉnh Nghệ An phù hợp với quy định của pháp luật.

3. Xây dựng điều lệ quản lý Khu kinh tế Đông Nam  và các Khu công nghiệp Nghệ An trên cơ sở điều lệ mẫu do Bộ Kế hoạch và Đầu tư ban hành, trình cấp có thẩm quyền phê duyệt.

4. Xây dựng các danh mục dự án đầu tư và kế hoạch vốn đầu tư xây dựng cơ bàn hàng năm trình cơ quan có thẩm quyền phê duyệt và tổ chức thực hiện.

5. Cấp, điều chỉnh và thu  hồi: Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh; Giấy phép thành lập Văn phòng đại diện thương mại, chi nhánh của các tổ chức và thương nhân nước ngoài; Giấy chứng nhận đầu tư; Giấy phép lao động cho người nước ngoài, người Việt Nam định cư tại nước ngoài đến làm việc, hoạt động kinh doanh; Chứng chỉ xuất hàng hoá tại Khu kinh tế Đông Nam và các giấy phép, chứng chỉ khác theo uỷ quyền của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền.

6. Giao đất có thu tiền sử dụng đất, giao đất không thu tiền sử dụng đất, cho thuê đất, mặt nước cho các tổ chức, cá nhân có nhu cầu sử dụng đất trong Khu kinh tế Đông Nam theo đúng mục đích sử dụng, theo đúng quy định tương ứng của pháp luật về đất đai.

7. Xây dựng các khung giá và mức phí, lệ phí thực hiện tại Khu kinh tế Đông Nam và các Khu công nghiệp của tỉnh Nghệ An trình cơ quan có thẩm quyền xem xét, ban hành theo quy định của pháp luật.

            8. Làm đầu mối giải quyết những vấn đề phát sinh trong quá trình hình thành, triển khai và thực hiện các dự án đầu tư sản xuất kinh doanh và các hoạt động tại Khu kinh tế Đông Nam và các Khu công nghiệp của tỉnh Nghệ An.

            9. Phối hợp với chính quyền địa phương và các cơ quan liên quan trong việc bồi thường giải phóng mặt bằng và bảo đảm mọi hoạt động trong Khu kinh tế Đông Nam và các Khu công nghiệp của tỉnh Nghệ An phù hợp với Quy chế hoạt động, quy hoạch và kế hoạch đã được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền phê duyệt.

            10. Thực hiện nhiệm vụ quản lý và sử dụng các nguồn vốn đầu tư phát triển, quản lý các dự án đầu tư xây dựng công trình bằng nguồn vốn ngân sách Nhà nước trên địa  bàn Khu kinh tế Đông Nam và các Khu công nghiệp của tỉnh Nghệ An theo đúng quy định

            11. Xây dựng, trình cơ quan có thẩm quyền phê duyệt và tổ chức, thực hiện các chương trình vận động, xúc tiến đầu tư, thương mại, du lịch, dịch vụ vào Khu kinh tế Đông Nam và các Khu công nghiệp của tỉnh Nghệ An.

            12. Thanh tra, kiểm tra việc thực hiện các dự án đầu tư theo giấy chứng nhận đầu tư, hợp đồng gia công sản phẩm, hợp đồng cung cấp dịch vụ, hợp đồng kinh doanh; giải quyết tranh chấp kinh tế theo yêu cầu của doanh nghiệp trong Khu kinh tế Đông Nam, Khu công nghiệp theo đúng quy định của pháp luật. Phối hợp với các cơ quan quản lý Nhà nước về lao động trong việc thanh tra, kiểm tra thực hiện các quy định của pháp luật về hợp đồng lao động, thoả ước lao động tập thể, an toàn giao lộng, tiền lương.

            13. Báo cáo định kỳ cho Uỷ ban nhân dân tỉnh và các Bộ, ngành liên quan về tình hình triển khai thực hiện quy hoạch, kế hoạch xây dựng và phát triển Khu kinh tế Đông Nam và các Khu công nghiệp của tỉnh Nghệ An.

            14. Các nhiệm vụ, quyền hạn khác theo quy định của pháp  luật liên quan và UBND tỉnh giao trong từng thời kỳ.