Phân viện Điều tra quy hoạch rừng Nam Trung Bộ và Tây Nguyên trước kia gọi là Liên đoàn Điều tra quy hoạch Lâm nghiệp Trung Trung Bộ ra đời từ năm 1973 tại vùng sông Tranh huyện Trà My, tỉnh Quảng Nam với lực lượng là 1 tổ điều tra rừng. Đến ngày 10 tháng 6 năm 1975, văn phòng đại diện Tổng cục Lâm nghiệp tại Trung Trung Bộ đã ra Quyết định số 149 thành lập Liên đoàn Điều tra quy hoạch rừng Trung Trung Bộ, trực thuộc Tổng Cục Lâm nghiệp. Đến ngày 16 tháng 12 năm 1976, Tổng cục Lâm nghiệp ra Quyết định số 946 chuyển giao Liên đoàn cho Viện Điều tra quy hoạch rừng quản lý toàn diện. Trong thời gian này cơ cấu tổ chức và biên chế của Liên đoàn không ổn định, thành lập nhiều đoàn, nhiều tổ điều tra để phục vụ cho việc quy hoạch huyện và tham gia chiến dịch Tây Nguyên (cụ thể: Năm 1976, Liên đoàn được bổ sung 230 học sinh đại học Lâm nghiệp, năm 1978 bổ sung tiếp 1.100 cán bộ công nhân viên từ các trường, các đoàn, các phân viện cho Liên đoàn. Từ năm 1979 đến năm 1980 Bộ Lâm nghiệp lại điều động lực lượng của Liên đoàn về ngành lâm nghiệp ở các tỉnh). Đến cuối năm 1982 lực lượng Điều tra quy hoạch rừng của Liên đoàn chỉ còn 241 người và Bộ Lâm nghiệp ra Quyết định số 537 chuyển thành Liên đoàn III Quy hoạch lâm nghiệp.

Từ năm 1983 trở đi tình hình tổ chức tương đối ổn định hơn, chỉ biến động trong phạm vi nhỏ và theo hướng giảm dần, đến năm 1990 chỉ còn 153 người với 3 phòng và 4 đoàn.

Năm 1995 Bộ Trưởng Bộ Lâm nghiệp ra Quyết định số 32/TCLĐ ngày 21 tháng 01 năm 1995 quy định chức năng, nhiệm vụ và tổ chức Viện Điều tra quy hoạch rừng trong đó đổi tên Liên đoàn III Quy hoạch lâm nghiệp thành Phân viện Điều tra quy hoạch rừng Nam Trung Bộ và Tây Nguyên.

Hiện nay biên chế của Phân viện ổn định với 100 người, gồm 3 phòng nghiệp vụ chuyên môn và 4 đơn vị sản xuất. Trước năm 1995 từ chỗ không có người nào có trình độ trên đại học, hiện nay Phân viện đã cử đi đào tạo được 20 người trên đại học. Phân viện cũng đã cử rất nhiều người đi đào tạo chuyên môn nghiệp vụ ở nước ngoài, kể cả nghiên cứu sinh tiến sĩ,....