Công ty TNHH nhà nước một thành viên Yến sào Khánh Hòa là doanh nghiệp Nhà nước được thành lập theo quyết định số 78/QĐ-UB ngày 16/01/1993 của UBND tỉnh Khánh Hòa. Đến ngày 26/10/2009 Công ty Yến sào Khánh Hòa chuyển đổi thành Công ty TNHH Nhà nước một thành viên Yến sào Khánh Hòa theo quyết định số 2692/QĐ-UBND của UBND tỉnh Khánh Hòa về việc phê duyệt điều lệ tổ chức và hoạt động của Công ty .

Là đơn vị đầu ngành của cả nước về quản lý nguồn lợi yến sào, chiến lược phát triển của Công ty TNHH nhà nước một thành viên Yến sào Khánh Hòa được xác định : với tâm điểm là « Chim Yến », dựa trên nền tảng thương hiệu « Yến sào Khánh Hòa », Công ty không ngừng đa dạng hóa sản phẩm và dịch vụ nhằm đưa giá trị bổ dưỡng cao cấp của yến sào đến với cộng đồng, góp phần phục vụ sức khỏe cộng đồng và nâng cao giá trị thương phẩm của yến sào, hướng đến chiếm lĩnh thị trường trong nước và quốc tế. Thể hiện rõ nét qua quá trình hơn 20 năm phát triển, từ quản lý 8 đảo yến ban đầu, đến nay Công ty Yến sào đang quản lý trên 27 đảo yến với hơn 90 hang yến lớn nhỏ thuộc vùng biển Khánh Hòa và 18 đơn vị trực thuộc. Các đơn vị phát huy lợi thế, tiềm năng thế mạnh Yến sào Khánh Hòa trong hệ thống phát triển.

Xác định rõ nhiệm vụ quản lý và khai thác yến sào là nhiệm vụ trọng tâm của đơn vị, Công ty TNHH nhà nước một thành viên Yến sào Khánh Hòa đã đảm bảo kế hoạch tổ chức khai thác hợp lý, đảm bảo an toàn tuyệt đối về sản phẩm, về người và tài sản của Công ty, đảm bảo khai thác yến sào hàng năm đạt hiệu quả cao. Đồng thời đầu tư, cải tiến kỹ thuật, thực hiện nghiên cứu khoa học để bảo tồn gìn giữ và duy trì môi trường sinh thái ổn định cho loài chim yến. Đó là các giải pháp kỹ thuật : Làm mái che cho lòng chảo các hang yến như Hang Trống, Hòn Sam, ... ; Làm đập chắn sóng cho hang Cạnh, ... ; Trang bị camera quan sát bảo vệ an toàn hang yến, ... Nhờ có thành tích xuất sắc trong quản lý khai thác nguồn tài nguyên yến sào, trong những năm qua, CITES - Cơ quan thực thi Công ước quốc tế về các loài động vật quý hiếm - đã đánh giá Công ty TNHH nhà nước một thành viên Yến sào Khánh Hoà là nhà quản lý khai thác, phát triển bền vững yến sào tốt nhất Đông Nam Á. Công ty cũng đã tiến hành các nghiên cứu đặc điểm sinh học, sinh thái học… của chim yến hàng làm cơ sở cho việc phát triển bền vững đàn yến. Một số nghiên cứu điển hình như “Nghiên cứu cơ sở khoa học của việc khai thác hợp lý và phát triển nguồn lợi yến sào Khánh Hoà”, “Nghiên cứu các nhân tố (vi khí hậu, thức ăn, khai thác) tác động đến số lượng quần thể và chất lượng tổ yến Khánh Hoà”, “Nghiên cứu đánh giá tình trạng quần thể Chim yến hàng Khánh Hoà dưới tác động của một số nhân tố lớn”, “Nghiên cứu áp dụng những biện pháp khắc phục tác động của thời tiết đối với tổ yến”…

Công nghệ thu hoạch sản phẩm yến sào và quy trình quản lý hang đảo của Công ty TNHH nhà nước một thành viên Yến sào Khánh Hòa rất khoa học, vượt hơn các đơn vị khai thác yến ở các nước trong khu vực như Indonésia, Thái Lan, Malaysia, Myanmar, ...Là Doanh nghiệp khai thác yến sào đầu tiên trong cả nước có thành lập Phòng nghiên cứu khoa học chuyên sâu kỹ thuật chim yến, tổ yến. Do đó sự phát triển đảm bảo đúng quy luật, tính khoa học, kỹ thuật tiên tiến và hiệu quả. Sản phẩm yến sào khánh Hòa : Chất lượng yến sào Khánh Hòa là hàng đầu, chất lượng cao nhất trên thế giới hiện nay. Điều này được kiểm chứng tính chính xác và khẳng định tại các thị trường chính của yến sào trên toàn thế giới : HongKong, Đài Loan, Hoa Kỳ.

Thành tựu đạt được trong sản xuất kinh doanh:
Được sự quan tâm chỉ đạo trực tiếp của Tỉnh Uỷ, UBND Tỉnh, sự phối hợp hỗ trợ của các cơ quan ban ngành chức năng trong Tỉnh cùng với sự đoàn kết thống nhất, sự nỗ lực phấn đấu cao độ của tập thể cán bộ công nhân lao động trong toàn Công ty từ các mặt hoạt động, trong năm 2009 đơn vị đã thực hiện hoàn thành chỉ tiêu kế hoạch của Tỉnh giao và là năm thứ 13 hoàn thành chỉ tiêu nộp ngân sách. Kết quả đạt được đã phản ánh tính hiệu quả trong công tác quản lý điều hành hoạt động sản xuất kinh doanh tại đơn vị.