Cục thuế Tỉnh Hà Giang được thành lập theo quyết định số 336 TC/TCCB ngày 31/8/1991 của Bộ Tài Chính; bắt đầu độc lập tổ chức thực hiện công tác thu ngân sách trên địa bàn, trong những buổi đầu ấy những người làm công tác thuế Hà Giang gặp không ít khó khăn. Cán bộ công chức trong toàn ngành, lãnh đạo các phòng nghiệp vụ, lãnh đạo các Chi cục thuế vừa thiếu thốn, trụ sở làm việc của văn phòng Cục và các Chi cục mới chỉ được xây dựng nhà tạm và nhà cấp IV, điều kiện và phương tiện phục vụ làm việc, đời sống của đại bộ phận cán bộ còn nhiều khó khăn, cộng với nguồn thu không ổn định, phân tán nhỏ lẻ trên khắp địa bàn tỉnh.

1. Phòng tuyên trưyền - Hỗ trợ người nộp thuế.
Nhiệm vụ chung: Giúp Cục trưởng Cục thuế tổ chức thực hiện công tác tuyên truyền về chính sách, pháp luật thuế, hỗ trợ người nộp thuế trong phạm vi Cục thuế quản lý; Thực hiện các nhiệm vụ khác do Cục trưởng Cục thuế giao.
Phó phụ trách: ông Trần Văn Tâm.
Điện thoại: 0219.3860.092.
Email: tvtam.hgi@gdt.gov.vn
2. Phòng kiểm tra nội bộ.
Nhiệm vụ chung: Giúp Cục trưởng Cục thuế tổ chức chỉ đạo, triển khai thực hiện công tác kiểm tra việc tuân thủ pháp luật, tính liêm chính của cơ quan thuế, công chức thuế; giải quyết khiếu nại (bao gồm cả khiếu nại các quyết định xử lý về thuế), tố cáo liên quan đến việc chấp hành công vụ và bảo vệ sự liêm chính của cơ quan thuế, công chức thuế trong phạm vi quản lý của Cục Trưởng Cục thuế; Thực hiện các nhiệm vụ khác do Cục trưởng Cục thuế giao.
Trưởng phòng: ông Phạm Quang Trung
Điện thoại: 0219.3868.274
Email: pqtrung.hgi@gdt.gov.vn
3. Phòng Thanh tra thuế.
Nhiệm vụ chung: Giúp Cục trưởng Cục thuế triển khai thực hiện công tác thanh tra người nộp thuế trong việc chấp hành pháp luật thuế; giải quyết tố cáo về hành vi trốn lậu thuế, gian lận thuế liên quan đến người nộp thuế thuộc phạm vi Cục thuế quản lý; Thực hiện các nhiệm vụ khác do Cục trưởng Cục thuế giao.
Trưởng phòng: ông Lê Ngọc Tới.
Điện thoại: 0219.3868.768
Email: lntoi.hgi@gdt.gov.vn
4. Phòng Kiểm tra thuế.
Nhiệm vụ chung: Giúp Cục trưởng Cục thuế kiểm tra, giám sát kê khai thuế, chịu trách nhiệm thực hiện dự toán thu đối với người nộp thuế thuộc phạm vi quản lý trực tiếp của Cục thuế; Thực hiện các nhiệm vụ khác do Cục trưởng Cục thuế giao.
Trưởng phòng: Bà Đinh Thị Tuyết.
Điện thoai: 0219.3866.360.
Email: dttuyet.hgi@gdt.gov.vn
5. Phòng Quản lý nợ và cưỡng chế nợ thuế.
Nhiệm vụ chung: Giúp Cục trưởng Cục thuế tổ chức thực hiện công tác quản lý nợ thuế, đôn đốc thu tiền thuế nợ và cưỡng chế thu tiền thuế nợ, tiền phạt trong phạm vi quản lý; Thực hiện các nhiệm vụ khác do Cục trưởng Cục thuế giao.
Trưởng phòng: ông Trần Xuân Thịnh.
Điện thoại: 0219.3864.281
Email: txthinh.hgi@gdt.gov.vn
6.Phòng Tổng hợp - Nghiệp vụ - Dự toán.
Nhiệm vụ chung: Giúp Cục trưởng Cục thuế trong việc chỉ đạo, hướng dẫn nghiệp vụ quản  lý thuế, chính sách, pháp luật thuế; xây dựng và thực hiện dự toán ngân sách nhà nước thuộc phạm vị Cục thuế quản lý; Thực hiện các nhiệm vụ khác do Cục trưởng Cục thuế giao.
7. Phòng kê khai - Kế toán thuế.
Nhiệm vụ chung:  Giúp Cục trưởng Cục thuế tổ chức thực hiện công tác đăng ký thuế, xử lý hồ sơ khai thuế, kế toán thuế, thống kê thuế trong phạm vi Cục thuế quản lý; Thực hiện các nhiệm vụ khác do Cục trưởng Cục thuế giao.
Trưởng phòng: Bà Nguyễn Kim Hồng
Điện thoại: 0219.3863.988
Email: nkhong.hgi@gdt.gov.vn
8. Phòng tin học.
Nhiệm vụ chung:  Giúp Cục trưởng Cục thuế tổ chức quản lý và vận hành hệ thống trang thiết bị tin học ngành thuế, triển khai các phần mềm ứng dụng tin học phục vụ công tác quản lý thuế và hỗ trợ hướng dẫn, đào tạo cán bộ thuế trong việc sử dụng  ứng dụng tin học trong công tác quản lý; Thực hiện các nhiệm vụ khác do Cục trưởng Cục thuế giao.
Trưởng phòng: ông Ma Tường Huyên.
Điện thoại: 0219.3864.558
Email: mthuyen.hgi@gdt.gov.vn
9. Phòng Hành chính - quản trị - tài vụ - ấn chỉ.
Nhiệm vụ chung: Giúp Cục trưởng Cục thuế tổ chức chỉ đạo, triển khai thực hiện các công tác hành chính, văn thư, lưu trữ; Công tác quản lý hành chính, quản lý đầu tư xây dựng cơ bản, quản trị ấn chỉ thuế trong toàn Cục thuế; Thực hiện các nhiệm vụ khác do Cục trưởng Cục thuế giao.
Trưởng phòng: Bà Trần Thị Len.
Điện thoại: 0219.3862.856;
Email: ttlen.hgi@gdt.gov.vn
10. Phòng Tổ chức cán bộ.
Nhiệm vụ chung: Giúp Cục trưởng Cục thuế tổ chức chỉ đạo, triển khai thực hiện về công tác tổ chức bộ máy, quản lý cán bộ, biên chế, tiền lương, đào tạo cán bộ và thực hiện công tác thi đua khen thưởng trong nội bộ Cục thuế; Thực hiện các nhiệm vụ khác do Cục trưởng Cục thuế giao.
Trường phòng: ông Nguyễn Đức Thảo.
Điện thoại: 0219.3867.859.
Email: ndthao.hgi@gdt.gov.vn
11. Phòng Thuế thu nhập cá nhân
Nhiệm vụ chung: Giúp Cục trưởng Cục thuế tổ chức, chỉ đạo triển khai quản lý thuế thu nhập cá nhân đối với các cá nhân có thu nhập thuộc diện phải nộp thuế thu nhập cá nhân theo quy định của pháp luật thuộc phạm vi Cục thuế quản lý; Thực hiện các nhiệm vụ khác do Cục trưởng Cục thuế giao.
Trưởng phòng: ông Phan Văn Toản.
Điện thoại: 0219.3860.288
Email: pvtoan.hgi@gdt.gov.vn
Các đơn vị trực thuộc Cục thuế tỉnh Hà giang.
Là Chi cục thuế các huyện, thị xã, có chức năng tổ chức thực hiện công tác quản lý thuế, phí, lệ phí và các khoản thu khác của Ngân sách Nhà nước trên địa bàn theo quy định của pháp luật. Gồm có các đơn vị sau:
1. Chi cục thuế Thị xã Hà giang.
Địa chỉ trụ sở: 298 - Đường Trần Phú - Thị xã Hà Giang - Tỉnh Hà Giang.
Chi cục trưởng: Ông Vũ Mạnh Hùng.
Điện thoại liên hệ: 0219.3866077; Email: vmhung.hgi@gdt.gov.vn
2. Chi cục thuế huyện Bắc Quang.
Địa chỉ trụ sở: Tổ 4 - Thị trấn Việt Quang - H.Bắc Quang - Tỉnh Hà Giang.
Chi cục trưởng: Ông Lê Đức Sơn.
Điện thoại liên hệ: 0219.3821194. Email: ldson.hgi@gdt.gov.vn
3. Chi cục thuế huyện Vị Xuyên.
Địa chỉ trụ sở: Tổ 4 - Thị trấn Vị Xuyên - H.Vị Xuyên - Tỉnh Hà Giang
Chi cục trưởng: Ông Vũ Đình Kiên
Điện thoại liên hệ: 0219.3826330; Email: vdkien.hgi@gdt.gov.vn
4. Chi cục thuế huyện Quang Bình.
Địa chỉ trụ sở: Xã Yên Bình - Huyện Quang Bình - Tỉnh Hà Giang.
Chi cục trưởng: Ông Tô Hữu Hải
Điện thoại liên hệ: 0219.3820.027; Email: thhai.hgi@gdt.gov.vn
5. Chi cục thuế huyện Hoàng Su Phì.
Địa chỉ trụ sở: Thị trấn Vinh Quang - Huyện Hoàng Su Phì - tỉnh Hà Giang.
Chi cục trưởng: Ông Phạm Thanh Hà
Điện thoại liên hệ: 0219.3831.186. Email:pha.hgi@gdt.gov.vn
6. Chi cục thuế huyện Quản Bạ.
Địa chỉ trụ sở: Thị trấn Tam Sơn - Huyện Quản Bạ - Tỉnh Hà Giang.
Chi cục trưởng: Ông Nguyễn Văn Thuật
Điện thoại liên hệ: 0219.3846.445; Email: nvthuat.hgi@gdt.gov.vn
7. Chi cục thuế huyện Yên Minh.
Địa chỉ trụ sở: Thị trấn Yên Minh - Huyện Yên Minh - Tỉnh Hà Giang.
Chi cục trưởng: Ông Trần Việt Thành
Điện thoại liên hệ: 0219.3852.012; Email: tvthanh.hgi@gdt.gov.vn
8. Chi cục thuế huyện Đồng Văn
Địa chỉ trụ sở: Thị trấn Đồng Văn - Huyện Đồng Văn - Tỉnh Hà Giang.
Chi cục trưởng: Ông Hoàng Xuân Thủy
Điện thoại liên hệ: 0219.3856.258; Email: hxthuy.hgi@gdt.gov.vn
9. Chi cục thuế huyện Mèo Vạc
Địa chỉ trụ sở: Thị trấn Mèo Vạc - Huyện Mèo Vạc - Tỉnh Hà Giang.
Chi cục trưởng: Ông Nguyễn Đình Hiển
Điện thoại liên hệ: 0219.3871.114; Email: ndhien.hgi@gdt.gov.vn
10. Chi cục thuế huyện Bắc Mê.
Địa chỉ trụ sở: Thị trấn Yên Phú - Huyện Bắc Mê - tỉnh Hà Giang.
Chi cục trưởng: Ông Nguyễn Quang Toàn
Điện thoại liên hệ: 0219.3841.184; Email: nqtoan.hgi@gdt.gov.vn
11. Chi cục thuế huyện Xín Mần.
Địa chỉ trụ sở: Thị trấn Cốc Pài - Huyện Xín Mần - Tỉnh Hà Giang.
Chi cục trưởng: Ông Nguyễn Hữu Thành
Điện thoại liên hệ: 0219.3836.144; Email: nhthanh.hgi@gdt.gov.vn