Năm 1998, với tầm nhìn chiến lược, nhằm phát huy sức mạnh giữa ngành công nghiệp mũi nhọn của đất nước là dầu khí với nông nghiệp, giữa trung ương và địa phương. Tổng Công ty Dầu khí Việt nam (nay là Tập đoàn Dầu khí Quốc gia Việt Nam) đã cử đoàn cán bộ đến khảo sát địa điểm tại ĐBSCL để xây dựng kho bãi, phát triển mở rộng thị trường sản phẩm ở khâu hạ nguồn. Với vị trí là trung tâm của vùng ĐBSCL, Cần Thơ đã được chọn là địa điểm để đặt trụ sở và Tổng kho xăng dầu. Công ty Liên doanh Dầu khí Mêkông

(Petromekong) đã được hình thành trên cơ sở hợp tác toàn diện giữa Tập đoàn Dầu khí và 7 tỉnh ĐBSCL gồm TP Cần Thơ, tỉnh Sóc Trăng, tỉnh Bạc Liêu, tỉnh Cà Mau, tỉnh Vĩnh Long, tỉnh Trà Vinh và tỉnh An Giang theo giấy phép số 007083/GP/GPTL-02 ngày 15-05-1998 do UBND tỉnh Cần Thơ cấp với các chức năng chính là xuất nhập khẩu trực tiếp các sản phẩm dầu mỏ, sản xuất chế biến các sản phẩm xăng dầu, kinh doanh tạm nhập tái xuất, bán buôn bán lẻ các loại xăng dầu, gas, nhớt… nhưng nhiệm vụ chính vẫn là đầu tư xây dựng Tổng kho xăng dầu Cần Thơ.

Nhằm đào tạo cán bộ và chuẩn bị thị trường kinh doanh sau khi Tổng kho xăng dầu Cần Thơ đi vào hoạt động. Năm 1999 Công ty đã đạt được một bước phát triển mới khi chính thức trở thành một trong những đầu mối nhập khẩu kinh doanh xăng dầu, được nhập khẩu trực tiếp và phân phối sản phẩm xăng dầu, giúp nâng cao vị thế không chỉ của Công ty mà còn là vị thế của tỉnh Cần Thơ khi có một doanh nghiệp đầu mối kinh doanh xăng dầu tại địa bàn với các chỉ tiêu nộp ngân sách luôn đứng đầu trong tỉnh.

Năm 2002 năm đầu tiên Tổng kho xăng dầu đi vào hoạt động càng khẳng định vị thế của Công ty Petromekong khi doanh thu tăng hơn 182% so với các năm trước. Đây cũng là năm đầu tiên bắt đầu tính chi phí khấu hao Tổng kho, do đó Công ty đã triển khai rất mạnh việc mở rộng thị trường tiêu thụ và khách hàng.

Từ năm 2003-2006 là giai đoạn hết sức khó khăn do thị trường thế giới biến động tăng giá rất mạnh nhưng tốc độ phát triển của Công ty vẫn tăng đáng kể và hoàn thành vượt mức kế hoạch được giao hàng năm. Đây là giai đoạn phát triển vượt bậc của Công ty về tất cả các chỉ tiêu với mức tăng trưởng 2-3 lần so với giai đoạn trước.

Năm 2007 là năm có nhiều biến đổi lớn đối với Công ty. Công ty đã lần lượt chuyển đổi loại hình hoạt động sang Công ty trách nhiệm hữu hạn và mới đây nhất là chuyển sang hoạt động theo hình thức Công ty cổ phần, phù hợp với xu thế phát triển chung của các thành phần kinh tế trong giai đoạn hiện nay. Bên cạnh đó, Tập đoàn Dầu khí cũng đã chuyển phần vốn góp của Tập đoàn về cho Công ty PDC, là Công ty kinh doanh xăng dầu chủ lực của Tập đoàn nên Công ty Petromekong sẽ dễ dàng nhận được sự hỗ trợ toàn diện từ Công ty PDC vốn đã có rất nhiều thế mạnh từ trước đến nay.

Sau 9 năm thành lập, Công ty đã có những bước phát triển rất đáng kể, Công ty đã khẳng định được vị thế của mình là Công ty kinh doanh xăng dầu uy tín cao của Tập đoàn tại ĐBSCL. Công ty đã mở rộng được mạng lưới phân phối khắp các tỉnh ĐBSCL, TPHCM, các tỉnh miền Đông Nam bộ và là Công ty sản xuất kinh doanh đầu tiên của Tập đoàn mở văn phòng đại diện nước ngoài tại Cambodia và sắp tới là Singapore; góp phần rất đáng kể vào việc mở rộng sản phẩm mang thương hiệu PetroVietnam vươn tới mọi vùng miền của đất nước và các quốc gia lân cận.

Công ty đã nỗ lực phấn đấu, liên tục hoàn thành vượt mức kế hoạch được giao với mức tăng trưởng bình quân hàng năm từ 10-20%/năm. Hiện nay tổ chức bộ máy của Công ty ngày càng hoàn thiện hơn bao gồm Hội đồng thành viên, Ban Tổng Giám đốc, 10 phòng ban trực thuộc, 01 Tổng kho xăng dầu, 02 văn phòng đại diện, 10 Chi nhánh và 21 cửa hàng bán lẻ xăng dầu do Công ty tự đầu tư.

Nhân sự hiện có của Công ty là 330 người, phần lớn là lực lượng trẻ, có trình độ chuyên môn kỹ thuật cao, năng nổ, nhiệt tình trong công tác.