Công ty chịu sự quản lý Nhà nước UBND Tỉnh Hà tĩnh.

Về mặt chuyên môn, nghiệp vụ kỷ thuật đặt dưới sự lãnh đạo của Sở GTVT Hà tĩnh

Quyết định đổi tên doanh nghiệp: Quyết định số: 3175/QĐ.UBND của Uỷ ban Nhân dân Tỉnh Hà Tĩnh cấp ngày 30 tháng 12 năm 2003 đổi tên doanh nghiệp từ "Công Ty Vận Tải Biển - Thương Mại Hà Tĩnh" thành "Cảng Hà Tĩnh"
 
Tài khoản nội tệ:     020 100 0000090 NHNT Hà Tĩnh
 
Tài khoản ngoại tệ: 020 137 0003087 NHNT Hà Tĩnh
 
Hoạt động của Cảng Hà Tĩnh: Cảng Hà Tĩnh là một doanh nghiệp nhà nước hạch toán độc lập đầy đủ, có tài khoản, con dấu riêng, hoạt động theo chế độ tự chủ về tài chính, có tư cách pháp nhân và hoạt động trong khuôn khổ pháp luật nhà nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam, cơ chế thị trường có định hướng chủ nghĩa xã hội.