Tiền thân của Công ty Cổ phần Cảng Rau Quả là Xí nghiệp Giao nhận kho vận Rau Quả, được thành lập trên cơ sở sáp nhập Ban Quản lý Công trình khu vực TP. Hồ Chí Minh và một số phòng ban của Công ty Xuất nhập khẩu Rau quả 3, TP. Hồ Chí Minh. Xí nghiệp Giao nhận kho vận rau quả, trực thuộc Tổng Công ty rau quả Việt Nam, được thành lập theo quyết định 105/NN-TCCB của Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp Thực phẩm ( nay là Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn). Xí nghiệp chính thức đi vào hoạt động ngày 01/07/1991.  Đây là thời kỳ hệ thống các nước Xã hội chủ nghĩa và Liên Xô tan rã. Xí nghiệp được thành lập với mục đích tận dụng cơ sở vật chất sẵn có do Liên Xô đã xây dựng trong thời kỳ trước. Thời điểm này, tài sản của Xí nghiệp Giao nhận vận tải gồm có một cầu cảng dài 162 m, một kho lạnh có sức chứa 4.000 tấn và một kho khô chứa hàng rời 1.700 m2. 

Thực hiện chủ trương cải cách sắp xếp lại doanh nghiệp Nhà nước, ngày 10/08/1996, Xí nghiệp Giao nhận Kho vận Rau Quả đã  chuyển thành Công ty Giao nhận Kho vận Rau quả theo quyết định số 1360/NN-TCCB của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, trực thuộc Tổng công ty rau quả Việt Nam và là đơn vị hạch toán độc lập.

Từ năm 1997, nhằm phục vụ cho việc mở rộng hoạt động kinh doanh, Công ty đầu tư xây dựng 3 bến phao và kéo dài thêm 60m cầu cảng, đầu tư vào các kho lạnh và xây thêm một kho khô 2.100 m2 và trang bị thêm một số phương tiện cơ giới như xe nâng hàng, xe cẩu.

Công ty Giao nhận Kho vận Rau quả tiến hành cổ phần hoá và chuyển thành Công ty Cổ phần Cảng Rau Quả theo quyết định số 20/2001/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ. Đây là cảng đầu tiên thực hiện cổ phần hoá trong hệ thống cảng khu vực thành phố Hồ Chí Minh. Công ty Cổ phần Cảng Rau Quả chính thức đi vào hoạt động từ ngày 25/05/2001 theo giấy phép số 413000427 do Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hồ Chí Minh cấp.