Với cái tên đầu tiên là “Sở Thuế quan và thuế gián thu” được thành lập với mục đích đảm bảo việc kiểm soát hàng hoá XNK và duy trì nguồn thu ngân sách Hải quan Việt Nam không ngừng chăm lo xây dựng, hoàn thiện và nâng cao cơ sở pháp lý - quản lý Nhà nước để ngày càng phù hợp hơn với thực tiễn của nước Việt Nam. Từ chỗ Hải quan Việt Nam còn phải tạm thời sử dụng những quy định nghiệp vụ về thuế quan của chính quyền thực dân đến nay đã xây dựng và ban hành được “Điều lệ Hải quan”, Pháp lệnh Hải quan và tiếp đó là Luật Hải quan Việt Nam có hiệu lực từ ngày 1 tháng 1 năm 2002.
Với những mục tiêu nhằm tạo thuận lợi cho phát triển XNK, thu hút đầu tư nước ngoài, phát triển du lịch và giao thương quốc tế, đảm bảo quản lý, nâng cao chất lượng, hiệu quả công tác Hải quan Việt Nam đã luôn luôn thực hiện theo khẩu hiệu mà mình đã đặt ra:
