1. Cơ chế quản lý

ĐHQGHN có cơ cấu tổ chức đặc biệt gồm 3 cấp quản lý hành chính:

- ĐHQGHN là đầu mối được giao các chỉ tiêu kế hoạch Nhà nước hàng năm, có tư cách pháp nhân, có con dấu mang hình quốc huy.

- Các trường đại học, viện nghiên cứu khoa học thành viên, các khoa, trung tâm nghiên cứu, đơn vị trực thuộc ĐHQGHN là các đơn vị cơ sở có tư cách pháp nhân độc lập, có con dấu và tài khoản riêng.

- Các khoa, phòng nghiên cứu thuộc trường đại học, viện nghiên cứu.

ĐHQGHN hoạt động theo cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm cao, dưới sự quản lý trực tiếp của Thủ tướng chính phủ. Các trường đại học và các viện nghiên cứu thuộc ĐHQGHN là các cơ sở đào tạo, nghiên cứu khoa học có tư cách pháp nhân và quyền tự chủ như các trường đại học, viện nghiên cứu khác được quy định trong Luật Giáo dục và Luật Khoa học- Công nghệ. Giám đốc kiêm Chủ tịch Hội đồng và các phó Giám đốc ĐHQGHN do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm.

2. Các đơn vị đào tạo, nghiên cứu, phục vụ trực thuộc

Cơ cấu hiện nay của ĐHQGHN bao gồm các trường đại học thành viên (Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn, Trường Đại học Ngoại ngữ, Trường Đại học Công nghệ, Trường Đại học Kinh tế, Trường Đại học Giáo dục), các viện nghiên cứu khoa học thành viên (Viện Công nghệ thông tin, Viện Vi sinh vật và Công nghệ sinh học, Viện Việt Nam học và Khoa học phát triển), các khoa trực thuộc (Khoa Luật, Khoa Quốc tế, Khoa Quản trị kinh doanh, Khoa Sau đại học), các trung tâm nghiên cứu, đào tạo trực thuộc (Trung tâm đào tạo bồi dưỡng giảng viên lý luận chính trị, Trung tâm Nghiên cứu tài nguyên và môi trường, Trung tâm Nghiên cứu về phụ nữ, Trung tâm đảm bảo chất lượng đào tạo và nghiên cứu phát triển giáo dục, Trung tâm Phát triển hệ thống, Trung tâm nghiên cứu Biển và đảo, Trung tâm Quốc tế nghiên cứu biến đổi toàn cầu, Trung tâm Giáo dục Quốc phòng và An ninh, Trung tâm Giáo dục Thể chất và Thể thao, Trung tâm Nghiên cứu đô thị) và một số đơn vị phục vụ (Trung tâm Hỗ trợ sinh viên, Trung tâm Thông tin thư viện, Nhà xuất bản, Nhà in, Tạp chí Khoa học, Trung tâm Hỗ trợ nghiên cứu châu Á, Trung tâm Hỗ trợ đào tạo và phát triển đô thị đại học, Trung tâm Truyền thông và quan hệ công chúng, Ban Quản lý và Phát triển dự án, Trung tâm Ứng dụng Công nghệ thông tin, Văn phòng hợp tác Đại học Quốc gia Hà Nội và Đại học Kyoto (VKCO)).

3. Đội ngũ cán bộ và sinh viên

Theo số liệu thống kê, tính đến 30/6/2010, ĐHQGHN vẫn giữ được quy mô và chất lượng đội ngũ cán bộ khoa học. Trong tổng số 3.426 cán bộ, viên chức của ĐHQGHN có 1.858 giảng viên, với có 41 GS, 254 PGS, 687 TSKH và TS, 899 thạc sỹ. Ở ĐHQGHN, tỷ lệ giảng viên có trình độ tiến sĩ, tiến sĩ khoa học đạt 36,9%, tỷ lệ giảng viên có học hàm GS, PGS đạt 15,9% (Bảng 4), trong đó có nhiều nhà khoa học đầu ngành, đầu đàn có uy tín lớn ở trong và ngoài nước về các ngành, chuyên ngành khác nhau thuộc hầu hết các lĩnh vực khoa học tự nhiên, khoa học xã hội và nhân văn, ngoại ngữ, công nghệ, kinh tế, luật, giáo dục... Đội ngũ cán bộ khoa học của ĐHQGHN đông đảo và mạnh nhất trong hệ thống các trường đại học của cả nước. Trường ĐHKHTN có 123 GS và PGS, 221 TSKH và TS trong tổng số 396 CBGD cơ hữu, tiếp đến là trường ĐHKHXH&NV với các số liệu tương ứng là 72 và 134 (Bảng 3). Trong thời gian qua, ĐHQGHN đã tích cực đào tạo, bồi dưỡng, thu hút các nhà khoa học có học vị TS trở lên về công tác tại ĐHQGHN. Trong 3 năm 2006-2008, ĐHQGHN đã tuyển dụng và thu hút được 253 giảng viên về làm việc (trong đó phần lớn có trình độ Th.S trở lên). Số lượng cán bộ khoa học của ĐHQGHN tăng khá mạnh theo thời gian từ 1.339 (năm 2000 sau khi ĐHSPHN tách ra) lên 1.995 (năm 2010). Bên cạnh đó, ĐHQGHN còn thu hút khoảng 300 GS, PGS của các cơ sở nghiên cứu và đào tạo trong cả nước và hàng trăm nhà khoa học có uy tín của thế giới, trong đó có một số người đạt giải Nobel và các giải thưởng lớn có uy tín khác cùng tham gia đào tạo, NCKH.

Nghị quyết Đại hội Đảng bộ ĐHQGHN lần thứ III năm 2005 đã đặt ra chỉ tiêu phấn đấu đến năm 2010, tỷ lệ cán bộ giảng dạy có trình độ tiến sỹ trở lên đạt 60%. Hiện nay, tỷ lệ đó ở một số đơn vị đã gần đạt chỉ tiêu này: Khoa Luật (58,8%), Trường ĐHKHTN (55,8%), Trường ĐHCN (53,2%). Ở các đơn vị nói trên, tỷ lệ giảng viên có trình độ đại học chỉ còn xấp xỉ 10%, nhưng đều đang được tạo nguồn để đào tạo thạc sỹ, tiến sỹ. 

Nhận thức được tầm quan trọng của chiến lược con người, ĐHQGHN đã chú trọng công tác đào tạo, bồi dưỡng cán bộ nhằm phát triển đội ngũ cả về số lượng và chất lượng. Giai đoạn 1993 - 2008, ĐHQGHN đã cử đi đào tạo 364 NCS, 518 học viên cao học và số cán bộ đã hoàn thành học vị là 221 tiến sĩ, 489 thạc sĩ. Số lượng cán bộ được cử đi đào tạo sau đại học năm 2008 (139 người) gấp hơn 2 lần so với năm 2000 (58 người) và gấp 4 lần so với năm 1993 (32 người).

Số lượng cán bộ tham gia đào tạo sau đại học đã bảo vệ thành công luận văn, luận án và nhận học vị tiến sĩ, thạc sĩ liên tục tăng, từ 19 người (năm 1993) lên đến 61 người (năm 2000) và đạt 123 người (năm 2008, Bảng 6).

Bên cạnh các chương trình dài hạn, ĐHQGHN đã cử 12.154 lượt cán bộ tham gia các khóa đào tạo, bồi dưỡng trong nước về tất cả các nội dung: lý luận chính trị, quản lý nhà nước, chuyên môn nghiệp vụ, ngoại ngữ, tin học… và 4.548 lượt cán bộ tham gia các khóa đào tạo, bồi dưỡng tại nước ngoài

4. Đào tạo

ĐHQGHN có chức năng, nhiệm vụ đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao và nhân tài khoa học, công nghệ cho đất nước. Cùng với các chương trình đào tạo chuẩn (chất lượng quốc gia) áp dụng đối với hệ đào tạo chính quy thông thường, ĐHQGHN ưu tiên đầu tư các nguồn lực để tổ chức thực hiện các chương trình đào tạo nguồn nhân lực tài năng đối với một bộ phận sinh viên giỏi, hợp tác với các trường đại học có uy tín trên thế giới thực hiện đào tạo liên kết theo chương trình và tiêu chuẩn chất lượng của trường đại học đối tác nước ngoài.

5. Nghiên cứu khoa học

Kết hợp chặt chẽ đào tạo, phát huy thế mạnh đa ngành, liên ngành và tiềm lực khoa học cơ bản, ĐHQGHN phát triển NCKH theo những hướng ưu tiên: Nghiên cứu cơ bản có định hướng, chọn lọc và nghiên cứu ứng dụng trong khoa học tự nhiên, khoa học xã hội và nhân văn; nghiên cứu chuyển giao các công nghệ cao, công nghệ nguồn dựa trên các thành tựu nghiên cứu cơ bản; nghiên cứu đổi mới giáo dục đại học; điều tra cơ bản phục vụ quy hoạch lãnh thổ, sử dụng hợp lý tài nguyên thiên nhiên, bảo vệ môi trường, phát triển bền vững,....

6. Hợp tác quốc tế

ĐHQGHN là đầu mối giao lưu văn hoá và hợp tác quốc tế lớn của đất nước, tích cực hội nhập và tham gia vào cơ cấu lãnh đạo, thành viên của nhiều mạng lưới, hiệp hội đại học khu vực, quốc tế. ĐHQGHN đã thiết lập quan hệ trao đổi, hợp tác với hơn 100 trường đại học và các tổ chức khoa học giáo dục nước ngoài và thực hiện nhiều dự án hợp tác quốc tế về đào tạo, nghiên cứu khoa học và tăng cường tiềm lực KH-CN.

7. Khen thưởng

Các đơn vị, tập thể, cá nhân trong ĐHQGHN đã được Nhà nước trao tặng nhiều phần thưởng cao quý

- ĐHQGHN đã vinh dự đón nhận Huân chương Sao vàng năm 2006

- 1 trường đại học được tặng thưởng Huân chương Hồ Chí Minh

- 2 trường đại học được tặng thưởng Huân chương Độc lập

- 2 tập thể được phong danh hiệu Anh hùng thời kỳ đổi mới

- 14 nhà khoa học được tặng Giải thưởng Hồ Chí Minh, 10 nhà khoa học được tặng Giải thưởng Nhà nước.

- 24 nhà giáo được phong danh hiệu Nhà giáo Nhân dân, 100 nhà giáo được phong danh hiệu Nhà giáo Ưu tú

- Hàng trăm tập thể, cá nhân được tặng thưởng Huân chương Lao động và Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ

Ngoài ra, nhiều học sinh hệ THPT chuyên đoạt giải thưởng trong các cuộc thi Olympic Quốc tế (31 huy chương vàng, 48 huy chương bạc, 53 huy chương đồng)