Thực hiện Nghị định số 388.HĐBT ngày 20/11/1991 Xí nghiệp được Văn phòng Chính phủ đồng ý cho thành lập lại doanh nghiệp nhà nước theo thông báo số 129-TB ngày 26/4/1993. Bộ Giao thông vận tải ra quyết định số 912/QĐ/TCCB-LĐ ngày 14/5/1993 thành lập lại doanh nghiệp với tên gọi “Xí nghiệp Thiết kế Thăng long”.

  Phù hợp với xu thế phát triển của đất nước cũng như để mở rộng và phát triển Xí nghiệp lên một tầm cao mới, ngày 16/7/1997 Bộ Giao thông vận tải ra quyết định số 1773/QĐ/TCCB-LĐ đổi tên Xí nghiệp Thiết kế Thăng long thành Công ty Tư vấn thiết kế Thăng long, trực thuộc Tổng Công ty xây dựng cầu Thăng long.

Ngày 13/6/2001 Bộ giao thông vận tải ra quyết định số 1862/QĐ/BGTVT đổi tên Công ty Tư vấn thiết kế Thăng long thành Công ty Tư vấn xây dựng Thăng long.

Thực hiện chủ trương đổi mới, sắp xếp lại doanh nghiệp Nhà nước, Bộ Giao thông vận tải ra quyết định số 3935/QĐ-BGTVT ngày 19/10/2005 về việc sáp nhập nguyên trạng Công ty Tư vấn xây dựng Thăng long, đơn vị thành viên hạch toán độc lập của Tổng Công ty xây dựng Thăng long vào làm đơn vị thành viên hạch toán phụ thuộc Tổng Công ty xây dựng Thăng long.

Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh số 0116000606 đăng ký lần đầu ngày 27/12/2005 “chuyển đổi từ DNNN, Công ty Tư vấn xây dựng Thăng long có GCN ĐKKD số 108827 cấp ngày 19/6/1993 tại Hà Nội.