Tổng công ty chúng tôi hoạt động theo mô hình Công ty Mẹ-Con gồm 11 công ty thuộc khối mẹ và 16 công ty con gồm 4 Công ty TNHH, 10 Công ty Cổ phần và 2 công ty đặt tại nước ngoài. Ngoài ra, VINAFOOD II còn sở hữu vốn trong 12 công ty liên kết. Hiện nay, VINAFOOD II có trụ sở chính tại Thành phố Hồ Chí Minh, các cơ sở sản xuất, kinh doanh, chế biến và kho tàng trải dài từ Đà Nẵng đến Cà Mau, nơi sản xuất phần lớn các sản phẩm nông nghiệp của Việt Nam, đặc biệt tập trung ở Đồng Bằng Sông Cửu Long, nơi sản xuất ra phần lớn lượng gạo xuất khẩu của Việt Nam.