Tuy nhiên, nghề nuôi tôm ở Hà Tĩnh chủ yếu theo hình thức quảng canh cải tiến, năng suất còn hạn chế, việc đảm bảo VSATTP từ nuôi trồng đến chế biến còn nhiều vấn đề cần quan tâm. Năm nào, nghề nuôi tôm ở tỉnh ta ít nhiều đều xảy ra dịch bệnh đốm trắng tại một số địa phương, làm thiệt hại đáng kể. Nguyên nhân thì nhiều nhưng chủ yếu là do phong trào nuôi tôm ở tỉnh ta còn mang tính tự phát, nuôi theo kinh nghiệm. Bên cạnh đó, công tác cải tạo ao đầm chưa được chú trọng, thực hiện không đúng theo quy trình kỹ thuật nên vi khuẩn, ký sinh trùng là một trong những tiềm tàng về dịch bệnh. Mặc dù đã có 4 trại cung cấp giống ở các vùng Thạch Hải (Thạch Hà), Kỳ Nam (Kỳ Anh), Xuân Thành, Xuân Phổ (Nghi Xuân) với số lượng tôm giống được sản xuất hàng năm khoảng 30 triệu tôm P15 nhưng chỉ đáp ứng 15% nhu cầu tôm giống trong toàn tỉnh. Do "cung" không đáp ứng "cầu" buộc người nuôi tôm phải mua giống từ bên ngoài vào nên rất khó kiểm soát một cách chặt chẽ. Mặt khác, người dân chỉ quan tâm đến lợi ích trước mắt là ham rẻ chứ không quan tâm đến mua ở đâu, chất lượng giống như thế nào. Ngoài ra năng lực phòng và trị bệnh cho đối tượng nuôi đang còn hạn chế cùng với việc ngăn chặn dịch bệnh đó là ý thức cộng đồng của người dân chưa cao, cống tiêu, thoát nước là một nên ảnh hưởng chung đến cả vùng nuôi khi có dịch bệnh xảy ra. Công tác bảo quản và vận chuyển sản phẩm sau khi thu hoạch không đúng kỹ thuật dẫn đến chất lượng thấp, đem lại giá trị không được như mong muốn... Thực trạng trên cho thấy nghề nuôi tôm ở tỉnh ta còn gặp nhiều khó khăn, chất lượng tôm nhìn chung chưa đáp ứng theo yêu cầu sản phẩm sạch cho các nhà máy chế biến thủy sản xuất khẩu ra thị trường nước ngoài.  

Sau khi chúng ta gia nhập tổ chức thương mại thế giới, việc mở rộng thị trường xuất khẩu thuỷ sản nói chung và xuất khẩu tôm nói riêng là một thuận lợi lớn cho nghề nuôi tôm. Song, bên cạnh đó, sự tuân thủ các quy ước quốc tế, đặc biệt là Hiệp định SPS là vô cùng nghiêm ngặt. Nhật Bản là thị trường lớn tiêu thụ tôm xuất khẩu vừa quyết định tăng mức độ kiểm tra từ 5% lên 50% (nghĩa là mỗi lô hàng kiểm tra một nửa). Chính vì vậy, nuôi tôm sạch, bảo đảm vệ sinh an toàn thực phẩm đáp ứng yêu cầu thị trường xuất khẩu và tiêu dùng trong nước là một vấn đề sống còn đối với nghề nuôi tôm.

Tại  cuộc hội thảo khoa học với chủ đề: "Tôm xuất khẩu với Hiệp định Vệ sinh an toàn thực phẩm SPS của WTO" vừa được tổ chức có tác dụng rất lớn đến việc giảm nhẹ rủi ro cho người nuôi tôm thông qua việc nâng cao kiến thức, nhận thức về vai trò trách nhiệm của các bên liên quan trong việc thực hiện hiệp định trong quá trình nuôi, chăm sóc, bảo quản và chế biến tôm xuất khẩu. Đây là một cuộc hội thảo có ý nghĩa hết sức quan trọng trong thời điểm hiện nay cũng như lâu dài cho người dân nuôi tôm theo hướng bền vững.

Theo Sở Thủy sản Hà Tĩnh, để sản phẩm tôm Hà Tĩnh đáp ứng được thị trường nước ngoài, từ nay đến năm 2020, ngành Thủy sản sẽ tập trung triển khai khoanh 50 vùng nuôi diện tích từ 20ha trở lên tại các địa phương để dần đưa vào tập huấn, quản lý chặt chẽ từ khâu con giống, thả nuôi, thức ăn, thuốc thú y đến thu hoạch và bảo quản. Đồng thời tiến hành đăng ký nuôi an toàn theo tiêu chuẩn Gap tại các vùng nuôi công nghiệp, còn lại khuyến khích các vùng nuôi khác tham gia. Nhưng để tổ chức, tiến hành tốt cần phải tập trung công tác chỉ đạo, rà soát, quy hoạch theo yêu cầu của từng vùng nuôi an toàn. Trong đó, kênh cấp thoát nước tại các vùng nuôi trên phải được tách biệt; tăng cường  nâng cao năng lực quản lý  về kỹ thuật cho người dân theo tiêu chuẩn SPS; ưu tiên đầu tư cơ sở hạ tầng từ các nguồn vốn dự án và có chính sách  ưu đãi về công tác phòng chống dịch bệnh cho các vùng nuôi này. Đặc biệt là thành lập các tổ hợp, nhóm, HTX để nâng cao ý thức cộng đồng nhằm giải quyết những khó khăn, vướng mắc trong quá trình nuôi cũng như giải quyết đầu ra, tránh tình trạng bị tư thương "ép cân, ép giá" như hiện nay. Sự liên kết cộng đồng rất cần thiết để đảm bảo sự đồng thuận giữa người nuôi tôm trong vùng và cộng đồng dân cư xung quanh nhằm mục tiêu nâng cao hiểu biết, hạn chế dịch bệnh, bảo đảm VSATTP tôm nuôi và bảo vệ môi trường. Để có được sản phẩm sạch sau khi thu hoạch thì công tác sơ chế, bảo quản hết sức quan trọng. Bởi vậy, các doanh nghiệp thu mua cần gắn kết với các vùng nuôi để xây dựng đại lý đóng tập trung ngay tại đây nhằm thu gom nguyên liệu, kiểm tra chất lượng, bảo quản và vận chuyển kịp thời đến các cơ sở chế biến. Đối với các doanh nghiệp chế biến thủy sản xuất khẩu cần  giám sát chặt chẽ các khâu của quy trình trong sản xuất, rút ngắn thời gian chế biến bằng việc nâng cao tay nghề công nhân để nâng cao chất lượng sản phẩm và hạ giá thành sản xuất. Ngoài ra, các nhà máy cần thực hiện nghiêm vệ sinh công nghiệp  trước, trong và sau quá trình sản xuất nhằm tránh các vi khuẩn, vi trùng xâm nhập vào sản phẩm... 

Vấn đề bảo đảm VSATTP trong sản phẩm thủy sản nói chung và tôm xuất khẩu nói riêng không chỉ  là trách nhiệm của các doanh nghiệp chế biến mà đòi hỏi có sự tham gia tích cực của người nuôi thủy sản cùng với chính quyền các cấp. Ngành Thủy sản thường xuyên chủ động nắm thông tin, yêu cầu mới của các thị trường xuất khẩu thủy sản, nhất là yêu cầu về VSATTP, coi đây là chìa khóa để mở rộng thị trường, để sản phẩm chế biến tôm xuất khẩu Hà Tĩnh đủ mạnh bước vào “sân chơi” lớn.