Chỉ tám ngày sau khi Chủ tịch Hồ Chí Minh đọc bản “Tuyên ngôn độc lập” tại Quảng trường Ba Đình lịch sử, khai sinh ra nước Việt Nam Dân chủ cộng hòa (ngày 2-9-1945), ngày 10-9-1945, thừa ủy quyền của Chủ tịch Chính phủ Lâm thời, Bộ trưởng Bộ nội vụ Võ Nguyên Giáp kí Sắc lệnh số 27 / SL thành lập Sở Thuế quan và Thuế gián thu – tiền thân của Hải quan Việt Nam ngày nay. 

Sự ra đời của Sở Thuế quan và Thuế gián thu trong những ngày đầu chính quyền công nông non trẻ mới được thành lập nói lên vai trò vị trí của lực lượng Hải quan trong quá trình xây dựng và bảo vệ Tổ quốc.

Trải qua chín năm kháng chiến chống thực dân Pháp xâm lược, lực lượng Thuế quan Việt Nam đã hoàn thành tốt nhiệm vụ của Đảng và Chính phủ giao cho, tiến hành “bao vây kinh tế địch”, đấu tranh đòi xác lập chủ quyền về thuế quan, góp phần cùng quân dân cả nước đánh đuổi thực dân Pháp. 

Hòa bình lập lại ở miền Bắc, Chính phủ đổi tên Sở Thuế quan và Thuế gián thu thành Sở Hải quan Trung ương trực thuộc Bộ Công thương. Hải quan Việt Nam bước vào trang sử mới, thực hiện “chế độ quản lí ngoại thương”, “chế độ độc quyền ngoại thương”, “thi hành biểu thuế và đấu tranh chống buôn lậu”, góp phần vào việc khôi phục và phát triến kinh tế sau chiến tranh, xây dựng chủ nghĩa xã hội ở miền Bắc và đấu tranh thống nhất nước nhà.

 Để đáp ứng yêu cầu của tình hình mới, theo Nghị quyết của Quốc hội, Chính phủ củng cố bộ máy chính quyền Nhà nước Trung ương, thành lập thêm một số Bộ mới. Theo đó, Bộ Công thương được chia tách thành Bộ Công nghiệp và Bộ Thương nghiệp. Hệ thống Hải quan nằm trong Bộ Thương nghiệp. Bộ Thương nghiệp đã củng cố lại tổ chức Hải quan, giải thể các Phân Sở Hải quan Liên khu và Sở Hải quan Hà Nội, Hải Phòng để thành lập các Phân Sở và Chi Sở Hải quan ở các tỉnh, thành phố. Đến ngày 19/5/1956, Bộ trưởng Bộ Thương nghiệp kí Nghị định số 161 / BTN-NĐ-TC thành lập Chi Sở Hải quan Nghệ An, tiến thân của Cục Hải quan Nghệ An ngày nay. Trong những thời kí lịch sử của cách mạng, trong kháng chiến cũng như trong xây dựng hòa bình với nhiều tên gọi khác nhau, có lúc là Chi Cục Hải quan Nghệ An, Chi Cục Hải quan Nghệ Tĩnh, Hải quan Nghệ Tĩnh và hiện nay là Cục Hải quan Nghệ An, nhiều thế hệ cán bộ chiến sỹ Hải quan Nghệ An đã vượt qua muôn ngàn khó khăn gian khổ, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao, chung sức chung lòng, xây dựng Hải quan Nghệ An mgày càng lớn mạnh. 

Qua 50 năm xây dựng và trưởng thành, Hải quan Nghệ An luôn luôn gắn liền với sự phát triển của ngành Hải quan Việt Nam và của tỉnh, góp phần vào công cuộc xây dựng và bảo vệ Tổ quốc Việt Nam xã hội chủ nghĩa.

Nhân dịp kỉ niệm 50 năm thành lập, Cục Hải quan Nghệ An đã vinh dự được Chủ tịch nước tặng thưởng Huân chương Lao động Hạng nhất