Công ty CP Dược phẩm Cửu Long tiền thân là Xí nghiệp Dược phẩm tỉnh Cửu Long được thành lập năm 1976. Năm 1992, Công ty đổi tên thành Công ty Dược và vật tư y tế Cửu Long. Sau đó, Công ty được cổ phần hóa và thành lập theo quyết định số 2314/QĐ-UB ngày 09/08/2004 với tên gọi “Công ty CP Dược phẩm Cửu Long”.