Trường được thành lập tháng 8 năm 1991 trên cơ sở các lớp chuyên Toán, tiếng Nga, Vật lý tách ra từ trường THPT Ngô Sĩ Liên, Hàn Thuyên tỉnh Hà Bắc. Khi thành lập trường mang tên: Trường THPT năng khiếu Hà Bắc, năm 1997 đổi tên là trường THPT năng khiếu Ngô Sĩ Liên và từ tháng 02/2004 trường chính thức mang tên là trường THPT Chuyên Bắc Giang.

Trải qua 18 năm xây dựng và trưởng thành, trường THPT chuyên Bắc Giang luôn hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ chính trị được giao, là trường trọng điểm chất lượng giáo dục toàn diện cao nhất tỉnh, có nhiều đóng góp quan trọng trong việc phát hiện, đào tạo và bồi dưỡng nhân tài, tạo nguồn nhân lực chất lượng cao cho quê hương, đất nước.

Hàng năm trường đều được công nhận danh hiệu là trường tiên tiến xuất sắc cấp tỉnh. Nhiều GV và HS được nhận Bằng khen của Bộ trưởng Bộ GD&ĐT, Chủ tịch UBND tỉnh, Thủ tướng Chính phủ… Đã có 01 nhà giáo được Chủ tịch nước phong tặng danh hiệu Nhà giáo nhân dân, 08 nhà giáo được phong tặng danh hiệu Nhà giáo ưu tú.

Từ ngày thành lập đến nay, đã có 3.667 HS trưởng thành từ mái trường này, 100% đỗ tốt nghiệp THPT, hàng năm có trên 90% đỗ vào các trường Đại học ngay từ nguyện vọng 1. Nhiều HS của trường học tại các lớp cử nhân tài năng, được chuyển tiếp học cao học và làm nghiên cứu sinh trong và ngoài nước. Theo thống kê chưa đầy đủ đã có hơn 130 thạc sĩ, 11 tiến sĩ  và 26 nghiên cứu sinh nguyên là HS của trường. Tại các kỳ thi HSG quốc gia, Bắc Giang luôn xếp thứ hạng cao trong toàn quốc. Từ năm học 1991-1992 đến nay đã có 2143 lượt HS đoạt giải HSG cấp tỉnh, 582 em đoạt giải HSG Quốc gia; có 2 em đoạt huy chương Bạc Olympic quốc tế môn Hoá học và môn Toán; 9 giải Toán Singapore mở rộng; 4 giải Hoá do Viện Hoá học Hoàng gia Australia trao. Nhiều HS đã đoạt giải tại các kì thi Olympic giữa các trường chuyên trong khu vực.

Thầy và trò trường THPT Chuyên Bắc Giang trong Lễ báo công và tuyên dương học sinh có thành tích xuất sắc năm học 2008-2009 tại Khu lưu niệm Bác Hồ, Tân An, Yên Dũng

Năm học 2008 - 2009, Trường THPT Chuyên Bắc Giang đã đạt được nhiều thành tích tự hào. Nhà trường đã xây dựng được môi trường giáo dục lành mạnh, nêu cao thanh danh nhà giáo, thực hiện tốt các cuộc vận động, phong trào thi đua của ngành.
Đội ngũ cán bộ, giáo viên nhà trường hiện có 96 đồng chí, 100% đạt chuẩn trong đó có 22 thạc sĩ, 11 đ/c đang theo học. Có 41 thầy cô đạt danh hiệu giáo viên Giỏi cấp tỉnh; 04 thầy cô được tặng bằng khen của Bộ trưởng Bộ GD&ĐT, 02 thầy giáo được tặng bằng khen của Thủ tướng chính phủ; trường đạt danh hiệu tập thể lao động tiên tiến xuất sắc, được đề nghị Chính phủ tặng cờ thi đua.

Nâng cao vững chắc chất lượng giáo dục toàn diện theo mô hình trường trọng điểm chất lượng cao, năm học vừa qua nhà trường càng khẳng định được vị thế của mình: 100% học sinh xếp loại hạnh kiểm khá, tốt; 97,8% xếp loại học lực khá, giỏi; 100% HS khối 12 đỗ tốt nghiệp, trên 90% đỗ đại học. Kết quả thi HSG Quốc gia có 36 HS của trường đạt giải (trong đó có 1 giải nhất, 4 nhì, 22 ba, 9 KK). Có 5 em được dự thi chọn đội tuyển Quốc gia thi Quốc tế;  Thi HSG tỉnh khối 12 có 75 em đạt giải trong đó có 8 giải nhất, 14 nhì, 24 ba, 29 KK. Kỳ thi giải Toán trên máy tính Casio có 8 HS dự thi đạt 7 giải trong đó: 2 nhất, 3 nhì, 2 KK. Kỳ thi giải Toán trên máy tính Casio khu vực có 5 HS dự thi đạt 4 giải.