Công ty Cổ phần Du lịch Cần Thơ nguyên là Công ty Du lịch Cung ứng tàu biển Hậu Giang, được thành lập theo Quyết định số 109/QĐ.UBT ngày 11-5-1979 của UBND tỉnh Hậu Giang cũ, là Công ty Du lịch Cần Thơ theo quyết định số: 1373/QĐ.UBT.92 ngày 28-11-1992.

Đến ngày 30/12/2005, Chủ tịch UBND thành phố Cần Thơ phê duyệt phương án chuyển đổi Công ty Du lịch Cần Thơ thành Công ty Cổ phần Du lịch Cần Thơ theo Quyểt định số 4468/QĐ-UBND và Đại hội đồng cổ đông sáng lập ngày 15/04/2006 đã thông qua Điều lệ tổ chức và hoạt động của Công ty.

Sau gần 30 năm hoạt động Công ty đã trải qua nhiều thử thách, hoạt động của Công ty từng bước phát triển, hoàn thành nhiệm vụ chính trị trong thời kỳ nền kinh tế tập trung và có bước phát triển lớn mạnh trong thời kỳ đổi mới với nền kinh tế thị trường theo định hướng XHCN. Thương hiệu Canthotourist ngày càng được nâng cao trên thị trường trong và ngoài nước.