Phòng GD&ĐT huyện Kỳ Sơn được thành lập từ tháng 9 năm 1959. Lúc đó huyện Kỳ Sơn bao gồm toàn bộ huyện Cao Phong, huyện Kỳ Sơn hiện nay và 7 xã thuộc Thành phố Hoà Bình. Khi mới thành lập toàn huyện chưa có trường cấp II, chỉ có 3 xã có trường cấp I, một số xã còn lại có một vài lớp cấp I mới mở mà chưa thành lập trường. Tổng số cán bộ, giáo viên trong toàn huyện khoảng 50 người. 

     Hiện nay, huyện Kỳ Sơn bao gồm 9 xã và 1 thị trấn,  với đặc điểm là huyện nhỏ và dân số ít nhất trong toàn tỉnh nhưng sự nghiệp GD&ĐT đã có những bước phát triển vượt bậc. Mạng lưới trường, lớp các ngành học, bậc học của huyện rộng khắp đáp ứng đầy đủ nhu cầu học tập của học sinh và nhân dân các dân tộc trong huyện. Toàn huyện có 35 trường, trong đó có 11 trường Mầm non: 10 trường Tiểu học, 10 trường THCS, 1 trường PTCS, 2 trường THPT và 1 Trung tâm giáo dục thường xuyên. Khuôn viên các trường học được quy hoạch, xây dựng cơ bản đảm bảo theo tiêu chuẩn trường chuẩn Quốc gia. Với sự nỗ lực và cố gắng không ngừng, huyện Kỳ Sơn đã đạt chuẩn phổ cập giáo dục THCS  năm 2003 và phổ cập giáo dục tiểu học đúng độ tuổi năm 2005. Chất lượng đội ngũ CBQL, giáo viên luôn được chú trọng; chất lượng giáo dục đại trà, giáo dục mũi nhọn: Giáo viên giỏi, học sinh giỏi được nâng cao. Cơ sở vật chất, trang thiết bị phục vụ cho dạy và học không ngừng được được đổi mới, chuẩn hoá và hiện đại hoá, đã có 30/31 trường được kết nối mạng internet. Từ những nỗ lực đó, nhiều năm liền PGD&ĐT đã được tặng khen về các tiêu chí thi đua của SGD&ĐT; nhiều đơn vị được tặng bằng khen của Bộ Giáo dục & Đào tạo và của UBND tỉnh. Đến nay,  toàn huyện đã xây dựng được 05 trường Tiểu học, 01 trường Mầm non, 01 trường THCS đạt chuẩn Quốc gia.